Grupą docelową projektu Poznaj swoją Naturę był ogół społeczeństwa, ze szczególnym uwzględnieniem społeczności lokalnych, na których terenach są wyznaczone obszary Natura 2000, w szczególności gminy, w których sieć obszarów Natura 2000 budzi największe kontrowersje, tj. o potencjalnie najwyższym ryzyku konfliktu społecznego oraz organizacje pozarządowe, których działalność dotyczy sieci obszarów Natura 2000.