Celem realizacji programu jest ujednolicenie podstaw merytorycznych oraz interpretacji przepisów w systemie oceny oddziaływania na środowisko i obszarów Natura 2000 (dalej zwanego systemem OOŚ) na poziomie krajowym. Niniejszy cel wynika z ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko, która wyznaczyła nowy kierunek działań zmierzających do usprawnienia procesu zarządzania środowiskiem w Polsce.

Z uwagi na odpowiedzialność i znaczenie Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska oraz 16 regionalnych dyrekcji ochrony środowiska, organów które w obrębie administracji rządowej scentralizowały zadania i kompetencje w zakresie ochrony środowiska rozproszone dotąd pomiędzy różne organy, wskazany powyżej cel główny stanowi kompleksowe podejście umożliwiające wypracowanie jednolitych zasad i dobrych praktyk dla prowadzenia procedury oceny oddziaływania na środowisko.