Głównym celem projektu jest stworzenie podstaw do skutecznej ochrony dla 299 obszarów Natura 2000, położonych na terenach 12 województw, poprzez opracowanie dla nich wysokiej jakości planów zadań ochronnych (instrumentów planistycznych sporządzanych obowiązkowo dla obszarów Natura 2000 na podstawie ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 roku o ochronie przyrody), stanowiących podstawę dla zachowania lub odtworzenia właściwego stanu ochrony przedmiotów ochrony, przy jednoczesnym stworzeniu warunków społecznych umożliwiających i ułatwiających wdrożenie tych planów w życie.

Cele szczegółowe:

1. Sporządzenie planów zadań ochronnych dla 299 obszarów Natura 2000, które określą, na podstawie niezbędnego rozpoznania i zgodnie z podstawami naukowymi, działania prowadzące do zachowania lub odtworzenia właściwego stanu przedmiotów ochrony.
2. Zapewnienie osobom i podmiotom, których współdziałanie w ochronie obszaru Natura 2000 jest niezbędne lub pożądane, uczestnictwa w procesie planowania obszaru Natura 2000, przekładającego się na poprawę zrozumienia i akceptacji tej ochrony.
3. Dalsze kształcenie planistów regionalnych i osób realizujących nadzór nad obszarami Natura 2000, tym samym uzyskanie grupy profesjonalistów do realizacji nadzoru nad obszarami Natura 2000 w przyszłości.