Naturowe Grupy Robocze to zespoły powołane aby wypracować we współpracy z mediatorem strategię rozwiązywania konfliktów na obszarach Natura 2000. W skład grup wchodzą przedstawiciele różnych środowisk - regionalnych dyrekcji ochrony środowiska, przedstawicieli samorządu terytorialnego, organizacji pozarządowych, aktywnie działających na terenie obszarów objętych projektem.

Naturowa Grupa Robocza działająca w obszarze Puszcza Białowieska

Naturowa Grupa Robocza działająca w obszarze Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego

Naturowa Grupa Robocza działająca w obszarze Ostoje Nietoperzy Beskidu Wyspowego

Naturowa Grupa Robocza działająca w obszarze Przełom Wisły w Małopolsce 

Naturowa Grupa Robocza działająca w obszarze Bieszczady