Celem powołania Forum Współpracy na rzecz sieci obszarów Natura 2000 jest zbudowanie ram współpracy pomiędzy organizacjami pozarządowymi, a Generalną Dyrekcją Ochrony Środowiska, wymiana doświadczeń i dobrych praktyk w zakresie sieci obszarów Natura 2000 oraz skoordynowanie wielu różnorodnych inicjatyw na rzecz sieci obszarów Natura 2000.

Inicjatywa Forum Współpracy jest nakierowana na szeroko rozumianą komunikację, której wynikiem będzie wzmocnienie współpracy przedstawicieli różnych środowisk na rzecz sieci obszarów Natura 2000 oraz wypracowanie modeli działania na obszarach Natura 2000.