Jednostką realizującą projekt „Opracowanie planów zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000 na obszarze Polski" jest Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska. Natomiast, na podstawie odrębnych porozumień, w realizację projektu zaangażowanych jest 16 partnerów:

• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Białymstoku,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Bydgoszczy,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Gdańsku,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Gorzowie Wielkopolskim,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Katowicach,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Kielcach,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Krakowie,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Lublinie,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Łodzi,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Olsztynie,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Opolu,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Poznaniu,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Rzeszowie,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Szczecinie,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Warszawie,
• Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska we Wrocławiu.