Głównym celem projektu „Opracowanie planów zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000 na obszarze Polski" jest rozwój systemu zarządzania siecią obszarów Natura 2000 w Polsce poprzez opracowanie dokumentacji planów zadań ochronnych dla 406 obszarów Natura 2000 na terenie Polski.

Ponadto zachowanie i ochrona typów siedlisk oraz gatunków zwierząt i roślin wymienionych w załącznikach I i II Dyrektywy siedliskowej oraz gatunków ptaków wymienionych w załączniku I Dyrektywy ptasiej oraz gatunków migrujących nie wymienionych ww. załączniku, występujących na terenach specjalnych obszarów ochrony siedlisk oraz obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 w Polsce, a także:

• zapewnienie warunków harmonijnego, zgodnego z zasadami ekorozwoju, rozwoju gmin położonych na terenie obszarów Natura 2000 oraz jasne określenie kierunków i zasad tego rozwoju,
• edukacja ekologiczna społeczeństwa, wypracowanie metod podnoszenia poziomu akceptacji społecznej dla istnienia obszarów Natura 2000,
• poszerzenie stanu wiedzy o obszarach Natura 2000 poprzez analizę wartości przyrodniczych tych obszarów, w tym weryfikacji istniejących opracowań, dokumentacji i prac naukowo-badawczych pod kątem ich przydatności do realizacji celów ochrony,
• określenie koniecznych, niezbędnych uzupełnień w zakresie opracowań specjalistycznych, prac naukowo-badawczych - do realizacji w czasie obowiązywania planu zadań ochronnych na potrzeby opracowania planu ochrony,
• identyfikacja i analiza zagrożeń oraz konfliktów pomiędzy celami ochrony obszaru Natura 2000 a rozwojem gospodarczym regionu,
• określenie priorytetów i działań związanych z osiągnięciem celów ochrony na obszarach Natura 2000 w Polsce,
• określenie etapów osiągnięcia celów ochrony,
• wypracowanie metod podnoszenia poziomu akceptacji społecznej istnienia obszaru Natura 2000 i zasad w nim obowiązujących,
• skuteczne wykorzystanie zasobów finansowych, ludzkich oraz wiedzy,
• stworzenie platformy komunikacyjno-informacyjnej (PIK) jako narzędzia współpracy wszystkich zainteresowanych oraz komunikacji pomiędzy nimi.